目前一般认为学习困难是由遗传、环境等因素交互作用,影响了大脑有效、准确地感知或加工言语或非言语信息。学习困难具有家族遗传倾向,尤其是阅读、数学和拼写学习困难。阅读困难儿童中父母阅读困难发病率高达45%以上,双胞胎中同卵的发病率明显高于异卵。某些染色体病、遗传代谢病也与学习困难有关,如部分肌营养不良儿童,常常有阅读和书写功能困难。
此外,出生前后的不良因素也与学习困难发生相关。早产、极低出生体重等因素可增加学习困难风险。出生时并发支气管肺发育不良、围生期窒息、心室内出血、脑积水的儿童出现神经发育损害和学习困难的风险增高。新生儿暂时性低甲状腺素血症、新生儿期抽搐也可能促使学习困难发生,表现为拼写、算术和视觉记忆损害。此外毒素如铅、多氯联苯可以损害胎儿大脑的发育,导致学习困难的风险增高。
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